Quận Nam Giao được chia thành các đơn vị hành chính gồm 3 trấn, 12 hương.
Trấn: Vân Cương, Cao Sơn, Cổ Điếm.
Hương: Bắc Thôn, Tây Phương, Tây Hàn Lĩnh, Mã Quân Doanh, Bình Vượng, Triệu Gia Tiểu Thôn, Thành Quan, Khẩu Tuyền, Phong Tử Gian, Nha Nhi Nhai, Thủy Bạc Tự, Tiểu Nam Đầu.
